牡丹根系發(fā)達(dá)，具有多數(shù)深根形的肉質(zhì)主根和側(cè)根。初生根始為白色，漸變?yōu)辄S色至褐色，肉質(zhì)白色，個別紅色，肉質(zhì)中心木質(zhì)化，俗稱“木心”。肉質(zhì)部儲有大量養(yǎng)份和水份供植株生長，一般來說，根深的植株枝葉茂盛，植株較高，根淺則枝短株型矮。牡丹因品種不同，其根型、數(shù)量也不一致，但大體上可分為三類：
直根型：此類型的根深（四年生的牡丹根可入土80厘米以上），但根條稀疏，沒有明顯的主根，僅有幾十條粗細(xì)均勻的粗“面條根”，根光滑、皮百，根上極少分生小根，根（加青州市綠九州花卉苗木園藝場草花矮牽牛、天天開、垂吊牽牛、雛菊、夏堇、孔雀草、一串紅、彩葉草、繡球、美人蕉、長春花、藍(lán)花鼠尾草、四季海棠、五色草、非洲鳳仙、紅葉甜菜、羽衣甘藍(lán)、金葉番薯、百日草、天竺葵、三色堇、角堇、大麗花、紅花酢漿草、千日紅、波斯菊、金盞菊、銀葉菊、萬壽菊、金魚草、常春藤、

宿根類粉黛亂子草、毛芒亂子草、三葉委陵菜、藍(lán)亞麻、薰衣草、柳葉馬鞭草、佛甲草、地被鼠尾草、大濱菊、地被菊、大花金雞菊、黑心菊、荷蘭菊、蛇鞭菊、天人菊、松果菊、金山繡線菊、金焰繡線菊、蜀葵、大花秋葵、金萱草、大花萱草、釣鐘柳、紅葉景天、三七景天、德國景天、八寶景天、白玉簪、紫玉簪、芝櫻、叢生福祿考、宿根福祿考、黃菖蒲、花菖蒲、紫花地丁、蔥蘭、穗花婆婆納、五彩石竹、地被石竹、二月蘭、耬斗菜、假龍頭、狼尾草、馬藺、美國薄荷、毛地黃、千屈菜、麥冬草、金葉蕕、冰島虞美人、羽扇豆、醉蝶花、魯冰花、蛇莓、射干、金葉過路黃、大花剪秋蘿、爬山虎、五葉地錦、地栽鳶尾、山桃草、大花飛燕草、玉帶草、美麗月見草、紫露草、高山紫菀、桔梗、、德國鳶尾等水生植物：荷花、睡蓮、水蔥、水生美人蕉、水生鳶尾、花葉蘆竹、再力花、香蒲、矮蒲葦、梭魚草、細(xì)葉芒、旱傘草、蘆葦、紅帽月季、豐花月季、四季玫瑰、藤本月季、大花薔薇、紅寶石月季、樹樁月季、曼海姆月季等
綠化苗木系北海道黃楊、金葉女貞、紫葉小檗、側(cè)柏、棣棠、丁香、冬青、大葉黃楊、小葉黃楊、大葉扶芳藤、紅錦帶、瓜子黃楊、金邊黃楊、鳳尾蘭、花石榴、紅葉石楠、紅瑞木、黃刺玫、龍柏球、女貞球、冬青球、黃楊球、衛(wèi)矛球、扶芳藤球、蜀檜、衛(wèi)矛、小龍柏、沙地柏、鋪地柏、小葉扶芳藤、迎春、連翹、叢生木槿、天目瓊花、大菊花、竹子

工后稱“丹皮”）產(chǎn)量高，質(zhì)量好。如“鳳丹”、“趙粉”、“二喬”、“墨魁”等。這類牡丹多為用兼觀賞兩用品種。
坡根型：此類根條粗細(xì)長短不一，分生側(cè)根較多，交叉生長，俗稱“雞爪根”，多數(shù)入土較淺，斜坡角度大。如“青山貫雪”、“白玉”、“黃花葵”等品種，此類牡丹產(chǎn)丹皮質(zhì)量、產(chǎn)量低于直根型，不適于用栽培。
中間型：此類根條稀密適中，無明顯主根，生有多數(shù)粗細(xì)均稱、根皮光滑的“面條根”，平均入土深度在70-80cm，如“種生黑”、“姚黃”等，既可觀賞，又可用。